Nello scenario dei fondali sono presenti falesie, grotte, praterie di poseidonia, gorgonie, rose di mare, cavallucci marini, stelle marine, coralli, ricciole, dentici, saraghi, spugne, ma anche relitti di navi affondate in questo scoglio in mezzo al mare.

Il mare è ovunque scoglioso e profondo, se si eccettuano le due piccole spiagge di Cala Maestra e di Cala Spalmatoio (villaggio turistico).

L'incontro con un delfino, una balena o una tartaruga sono rari ma possibili, in particolare durante le traversate tra l'isola e la terraferma.

A Giannutri bisogna comunque tener sempre presente due importanti fatti:

• l'isola è Parco Marino e non è possibile ancorare una barca a motore su gran parte delle coste

• non esistono stazioni di ricarica né assistenza medica specializzata. Chi volesse effettuare immersioni in gruppo o partecipare a corsi per subacquei dovrà quindi rivolgersi ad alcuni centri di diving con sede altrove, al Giglio o all'Argentario.